Зонирование определяется методиками и маршрутами проб
При разработке планировки анализируются последовательность операций, движение сотрудников, поступление образцов, расходных материалов и удаление отходов. Направление воздушных потоков и перепады давления выбираются с учётом задачи защиты. Герметичные стены и потолки, стойкие к обработке покрытия и скруглённые сопряжения облегчают уборку. Передаточные шлюзы сокращают лишние перемещения между зонами. Система может включать локальные чистые участки, вытяжные устройства и специальную мебель — от ПЦР- и микробиологической лаборатории до аналитического или исследовательского комплекса.